L'origine del microscopio può essere fatta risalire al XVI secolo. Sebbene il concetto di ingrandimento e di lenti fosse noto da secoli, fu durante questo periodo che furono compiuti progressi significativi nello sviluppo di strumenti ottici per l'ingrandimento di piccoli oggetti.
Il merito dell'invenzione del microscopio composto, che utilizza più lenti per ingrandire gli oggetti, viene spesso attribuito allo scienziato olandese Zacharias Janssen. Intorno all'anno 1590, Janssen e suo padre Hans Janssen, produttori di occhiali, costruirono un microscopio posizionando più lenti in un tubo. Questo primo microscopio rappresentò un progresso significativo in quanto consentiva un ingrandimento maggiore e una maggiore chiarezza rispetto ai precedenti dispositivi di ingrandimento.
Il microscopio di Hans e Zacharias Janssen aveva una limitazione in quanto soffriva di aberrazione cromatica, per cui colori diversi si mettevano a fuoco in punti diversi, risultando in immagini sfocate. Questa limitazione fu successivamente affrontata da un altro scienziato olandese, Antonie van Leeuwenhoek. Alla fine del XVII secolo, Leeuwenhoek perfezionò il design del microscopio e sviluppò le proprie potenti lenti. Ottenne un notevole ingrandimento e fu il primo a osservare e documentare microrganismi, come batteri e protozoi, utilizzando i suoi microscopi.
I microscopi di Leeuwenhoek erano dispositivi semplici e a lente singola noti come "microscopi semplici" o "microscopi Leeuwenhoek". Questi microscopi erano costituiti da una minuscola sfera di vetro di alta qualità montata su una piastra metallica, con il campione posizionato sulla punta di un ago. Regolando attentamente la distanza tra il campione e la lente, Leeuwenhoek ha ottenuto ingrandimenti fino a 270 volte.
Lo sviluppo e il perfezionamento dei microscopi continuarono nel corso dei secoli, con il contributo di altri importanti scienziati come Robert Hooke ed Ernst Abbe. Il libro di Hooke "Micrographia" pubblicato nel 1665 mostrò le sue osservazioni utilizzando i microscopi e rese popolare l'uso dei microscopi nella ricerca scientifica.
Oggi i microscopi sono diventati strumenti indispensabili in vari campi, tra cui la biologia, la medicina, la scienza dei materiali e le nanotecnologie. Si sono evoluti in strumenti altamente avanzati in grado di raggiungere livelli incredibilmente elevati di ingrandimento e risoluzione, consentendo agli scienziati di esplorare gli intricati dettagli del mondo microscopico.